一般我们希望消毒能达到以下效果：
对所有微生物有效
无腐蚀
使用安全
无残留
无菌(根据不同洁净要求分完全无菌或保证微生物限度合格。)
起效快
化学相容性好
材质相容性好
多种包装形式
经济(价格，准备时间，使用时间，个人防护和浪费)
但是，目前没有这种完美无缺的消毒方式，所以我们需要根据不同的洁净级别和情况，选择适合的产品。
洁净室的消毒解决方案一般遵循以下原则：
1、用无菌包装的醇类消毒剂做日常清洁消毒，
2、使用过氧化氢杀孢子剂，避免出现的细菌芽孢和霉菌。
3、发现较高的污染，需要用空间熏蒸灭菌。
当前常见的空间消毒方法有：
1、紫外线杀菌法
在紫外灯光的照射下约30分钟，就能使空气和室壁表面基本上无菌。为了加强灭菌效果，在开灯前可以在室内喷洒石炭酸溶液，使空气中附有的微生物和尘埃降 落，并杀死一些微生物。台面等可以用2-3%的苏尔来擦洗。
紫外线灭菌灯（简称紫外灯）在其它消毒方法未使用之前，为药品生产企业普遍采用，主要用在洁净工作台、层流罩、物料传递窗、风淋室乃至整个洁净房间的消 毒。紫外线波长为136~390nm,以253.nm的杀菌力最强，但紫外线穿透力极弱且存在照射死角，只适用于表面杀菌。由于目前已有了其它好的灭菌方 法，洁净室内不一定使用紫外线杀菌法了。
紫外线对人体皮肤，尤其对眼睛具有杀伤力，因皮肤若不直接看着打开的紫外灯，也不能在开着灯的情况下工作。
2、喷洒石炭酸法
将石炭酸水浴，稍热，使其溶解。使用吸耳球通过移液管吸出溶液并配制5%的溶液。对于小房间，可以从上到下、从内到外喷洒的顺序进行喷雾，和门一起，再等 一会即可使用。石炭酸对皮肤有很强的毒性作用，使用时不要接触皮肤。
3、福尔马林熏蒸法
剂量：市售福尔马林是37-40%甲醛水溶液。常用体积每立方米空间2-6ml计算。
熏蒸法：福尔马林熏蒸有两种方法
①加热熏蒸：由熏蒸空间计算出甲醛溶液的量，在酒精灯上面的小铁管或烧杯中，点燃酒精灯，关门。酒精灯最好在甲醛蒸完后即自行熄灭。
②氧化熏蒸：在一瓷杯里铺一张报纸，加入高酸钾（用量为1：2甲醛），然后取一定量的甲醛溶液，倒入含高钾酸的容器中，立即关门。几秒钟后，由高猛酸钾氧 化甲醛反应所产生的热将其余的甲醛蒸为气体。
由于甲醛对人眼、鼻有强烈的刺激作用，熏蒸后相当长的时间不能进入室内工作。因此，房间至少24小时前使用熏蒸，房间应密封保存12小时。之后可取与甲醛 等更是的氨水，倒在一个瓷碗里，放入熏蒸过的接种室，以减少甲醛对人的刺激作用。用氨水中和，至少应在工作前2小时进行。
4、臭氧熏蒸空间消毒
臭氧是一种强氧化剂，灭菌过程属生物化学氧化反应。臭氧灭菌有以下3种形式：
①外置臭氧发生器：在空间内放置臭氧发生器，消毒时启动臭氧发生器释放臭氧进行消毒。
②内置臭氧发生器：使用臭氧联动装置，把臭氧发生器内置于空调系统内，通过控制空调来启动/停止臭氧发生器及臭氧浓度。
