一般Milli-Q Synthesis/Biocel系统每4周会提示清洗超滤柱，屏幕显示提示信息“START SANIT.”。黄色服务指示灯也会点亮。
超滤柱清洗前准备工作
Milli-Q进水水箱中储水应大于40L。
每次清洗需要3克分析纯以上的氢氧化钠（NaOH)。随机没有带NaOH，需要用户自己准备。清洗不能使用其它氯片等代替。
大于20L的废水桶。
UF超滤柱消毒清洗程序需要421分钟，这期间，Milli-Q系统将不能产水，因此强烈建议系统UF超滤柱的清洗计划放在夜间或周末进行。
NaOH混合水后具有强碱性，强腐蚀性，因此操作时需要小心操作，必要时戴防护设施（如安全眼镜、实验室手套等）。
每次清洗需要3克分析纯以上的氢氧化钠（NaOH)。随机没有带NaOH，需要用户自己准备。清洗不能使用其它氯片等代替。
大于20L的废水桶。
UF超滤柱消毒清洗程序需要421分钟，这期间，Milli-Q系统将不能产水，因此强烈建议系统UF超滤柱的清洗计划放在夜间或周末进行。
NaOH混合水后具有强碱性，强腐蚀性，因此操作时需要小心操作，必要时戴防护设施（如安全眼镜、实验室手套等）。
超滤柱清洗
将Milli-Q系统切换到STANDBY模式（参考换柱操作）。此时将听到“嗒”的声音（电磁阀打开的声音），在UF超滤柱弃水管有几秒钟的弃水流出。然后，打开POU取水枪上的取水开关，系统进行卸压，当取水口没有水流出后关上取水开关。
找到超滤柱清洗口开启工具，一般放置在机器上清洗口上面。
按照开启工具上面指示方向，使用开启工具旋开清洗口盖子。取3克NaOH晶体放入清洗口中。（建议将3克NaOH溶于10ml纯水，待冷却后再倒入清洗口。）
找到超滤柱清洗口开启工具，一般放置在机器上清洗口上面。
按照开启工具上面指示方向，使用开启工具旋开清洗口盖子。取3克NaOH晶体放入清洗口中。（建议将3克NaOH溶于10ml纯水，待冷却后再倒入清洗口。）
放回清洗口盖子。用手将它转紧。注意，不能使用开启工具拧紧盖子，否则下次清洗将很难拧开盖子，甚至会拧裂清洗口。但也不能太松，否则强碱性的NaOH溶液溢出清洗口会腐蚀机器。确认拧紧清洗口盖子后，请注意一下UF超滤弃水管是否已接到废水池（或下水道）中，以保证安全。
取下终端过滤器MilliPak。
在STANDBY模式下，按住“CLEANING”键约2秒钟，开始执行清洗程序，屏幕会显示如下信息。
取下终端过滤器MilliPak。
在STANDBY模式下，按住“CLEANING”键约2秒钟，开始执行清洗程序，屏幕会显示如下信息。
等待约10秒钟后，LCD屏幕提示打开取水开关“OPEN THE VALVE”。转动POU取水枪上扳轮，打开取水开关。水会从取水枪取水口间断性的流出。同时421分钟的倒计时开始。
等待倒计时到400分钟的时候，系统提示关闭取水开关（CLOSE THE VALVE)。关上取水枪上的取水开关，“CLOSE THE VALVE”的提示信息将不显示，并继续倒计时程序。注意：看到系统显示“CLOSE THE VALVE”提示信息的时候，必须马上关上取水开关，否则剩下400分钟的清洗程序将不往下进行。当倒计时程序到1分钟的时候，Milli-Q系统将自动的回到PRE OPERATE 模式。
等待倒计时到400分钟的时候，系统提示关闭取水开关（CLOSE THE VALVE)。关上取水枪上的取水开关，“CLOSE THE VALVE”的提示信息将不显示，并继续倒计时程序。注意：看到系统显示“CLOSE THE VALVE”提示信息的时候，必须马上关上取水开关，否则剩下400分钟的清洗程序将不往下进行。当倒计时程序到1分钟的时候，Milli-Q系统将自动的回到PRE OPERATE 模式。
到此，UF超滤柱消毒清洗程序结束。黄色指示灯将不再闪烁。在PRE OPERATE模式下，Milli-Q系统内部水路每5分钟自动进行循环。如果在清洗完成后，需要取水，建议先放出足够的水，直到系统稳定，产水电阻率达到
注意：在Milli-Q系统不产水的时候，一直保持在"PRE OPERATE"模式（如晚上、周末、假期等）。